Onderzoek
Het museum beschikt over een uitgebreide bibliotheek met werken van en over Comenius. Deze is op afspraak toegankelijk voor onderzoekers tijdens de openingsuren van het museum.
Kunsthistorisch onderzoek
In 2012 heeft Henk Roos, in samenwerking met Maud Arkesteijn, onderzoek verricht naar de relatie tussen Rembrandt en Comenius. In onderstaande onderzoeksrapportage worden de resultaten gepresenteerd. Heeft Rembrandt Comenius geschilderd, en wie heeft de kopie van Rembrandts portret van een oude man vervaardigd, die in het bezit is van het Comenius Museum?
Heeft Rembrandt Comenius geschilderd?